Tereny portowe położone są na obu brzegach Parsęty: po wschodniej stronie leży przystań handlowa i przystań pasażerska, na wyspie Solnej marina, a na zachodnim brzegu przystań rybacka i port wojenny. W porcie działają nabrzeża przeładunkowe, dwie stocznie, Lokalne Centrum Pierwszej Sprzedaży Ryb, oraz brzegowa stacja ratownicza SAR oraz morskie przejście graniczne.
Wielkość statków wchodzących do portu Kołobrzeg nie może przekraczać 100 m długości, 15 m szerokości i 5 m zanurzenia lub 90 m długości, 14 m szerokości i 5,5 m zanurzenia dla wody słodkiej.
Port Kołobrzeg posiada 5 basenów portowych. Największy z nich Basen Rybacki ma powierzchnię 14 835 m². Następnym w kolejności jest Basen Jachtowy o powierzchni 5 979 m², potem Basen Remontowy 4 337 m², Basen Łodziowy 2 728 m². Najmniejszym basenem w porcie jest Basen Łodziowy przy bosmanacie portu o powierzchni 235 m².
Pomorze pomiędzy ujściem Odry i ujściem Wisły włączył do swego państwa Mieszko I. Kołobrzeg, położony w środku tego terenu, stał się głównym portem państwa pierwszych Piastów, ważnym szczególnie do kontaktów ze Skandynawią, które były bardzo żywe. Najprawdopodobniej z portu kołobrzeskiego wypłynęła córka Mieszka I Świętosława do swojego małżonka Eryka Zwycięskiego. Potwierdzeniem ważności Kołobrzegu w tamtych czasach jest ustanowienie tu przez Bolesława Chrobrego w roku 1000 stolicy biskupiej dla całego Pomorza. We wczesnym średniowieczu port kołobrzeski miał swój epizod wojenny. Stąd między innymi wypłynęły okręty na odwetową wyprawę przeciw Wikingom. Wyprawą dowodził książę pomorski Racibor I, lennik Bolesława Krzywoustego. Flota Racibora liczyła 650 okrętów, na pokładzie każdego było 44 wojowników i dwa konie. Wyprawa się udała, miasto zostało zdobyte i zniszczone i już nigdy nie powróciło do dawnej świetności. Z wyprawy przywieziono dużą ilość jeńców i bogate łupy.
Wczesnośredniowieczny port kołobrzeski znajdował się na terenie północnego podgrodzia w zatoczce rzeki Parsęty, około 4 km od ujścia rzeki do Bałtyku. Po lokacji nowego miasta na prawie lubeckim na terenie, gdzie dziś jest centrum miasta, przejściowo znajdował się port, ale wkrótce przeniesiono go w ujście rzeki, gdzie jest do dziś.
Port w Kołobrzegu u ujścia Parsęty rozpoczął funkcjonowanie na przełomie XIII i XIV wieku. Było to bezpośrednio związane z upowszechnieniem się w żegludze hanzeatyckiej kogi (Koga, kogga – duży żaglowiec handlowy, dostosowywany do celów wojennych, dominujący na akwenach Bałtyku i Morza Północnego w XIII-XV wieku, spotykany do początku XVI stulecia, stanowił wówczas podstawowy typ statku użytkowanego przez miasta Hanzy), które ze względu na zanurzenie nie mogły swobodnie docierać rzekami do miast. W XIV wieku wybudowano po wschodniej stronie rzeki nabrzeże oraz falochron osłaniający ujście Parsęty. Jednocześnie w porcie zbudowano karczmę celną, w której urzędował wójt osady, zobowiązany do opieki nad portem. Z biegiem lat mimo wielkich zniszczeń powodowanych przez bardzo silne, cykliczne sztormy oraz spustoszenia wywołane przez wojnę trzydziestoletnią i siedmioletnią, port kołobrzeski stopniowo się rozbudowywał. Od 1666 roku w forcie wzniesionym w czasie wojny trzydziestoletniej po wschodniej stronie rzeki zaczęła działać latarnia. Podstawowym problemem portu było utrzymanie głębokości akwenu portowego na około 2,5 m oraz głębokości wejścia do portu . Ówczesne proste sposoby pogłębiania akwenu portowego nie przynosiły trwałych i zadowalających efektów. W takiej sytuacji większe jednostki zmuszone były do prowadzenia przeładunków pośrednich na redzie portu. Portem początkowo zarządzał wójt portowy. Ale już w XIV wieku pojawili się „panowie portowi” pobierający opłaty od jednostek przybyłych do ujścia Parsęty. Od drugiej połowy XV wieku wzmiankowani są prowizorzy portowi, którzy w imieniu rady zarządzali portem. Z czasem zanikli „panowie portowi”, a prowizorzy portowi zarządzali całym portem, pobierali opłaty portowe, nadzorowali remonty oraz pracę portu. Aktualnie urzędującemu prowizorowi podlegał wójt Ujścia, cieśla portowy wraz z pomocnikami, piloci wprowadzający statki oraz robotnicy portowi. W XVIII wieku wszelkie opłaty od przywożonych i wywożonych towarów oraz przybyłych statków pobierali urzędnicy pakowni.
W czasie II wojny światowej do garnizonu kołobrzeskiego przybyła Kriegsmarine. Tu powstała szkoła torpedystów morskich (Torpedoschule III). W zespole baraków na terenie obecnego stadionu i hali „Milenium” przebywało około tysiąca marynarzy związanych z tą szkołą.
