Bożogrobcy zostali sprowadzeni do Nysy w 1239 roku przez biskupa Tomasza I. Początkowo osiedli oni w szpitalu Najświętszej Panny Marii na Starym Mieście. W 1622 roku biskup Karol arcyksiążę Habsburg przekazał im teren przy ul. Brackiej. W latach 1708-13 zakonnicy wznieśli budynek klasztorny, a w 1720 roku rozpoczęli budowę monumentalnego kościoła Św. Apostołów Piotra i Pawła.
W roku 1810 nastąpiła kasata zakonu. W latach 1848-71 w pomieszczeniach klasztoru mieścił się szpital, który prowadziły siostry boromeuszki. W czasie wojny wiele cennych zabytków w Nysie uległo zniszczeniu, ale szczęśliwie kościół i klasztor Bożogrobców przetrwały ten okres bez większych szkód. Od 1949 roku w klasztorze mieściło się Wyższe Seminarium Duchowne Śląska Opolskiego, które w 1997 roku przeniesiono do Opola. Obecnie dawny klasztor Bożogrobców to siedziba Diecezjalnego Domu Formacyjnego.
