Od wczesnych lat XX wieku pustynia wykorzystywana była jako poligon. Podczas I wojny światowej ćwiczył tu przed bitwą pod Krzywopłotami batalion pomocniczy piechoty legionowej. W okresie międzywojennym obszar ten wykorzystywała do ćwiczeń piechota i artyleria Okręgu Korpusu Nr V w Krakowie. Przed II wojną światową pustynia była wykorzystywana przez Wojsko Polskie jako poligon lotniczy, a w czasie II wojny światowej pustynia służyła jako poligon niemieckiej Afrika Korps dowodzonego przez feldmarszałka Rommla, wybudowano bunkry obserwacyjne i wprawiono się w walkach manewrowych czołgów, a także działań piechoty i artylerii w warunkach pustynnych. Tutaj także testowano nowe rozwiązania techniczne, adaptujące sprzęt sprawdzony w Polsce i Francji do działań wśród piasków. Na wzgórzu Dąbrówka, niedaleko Chechła, aż do czasów współczesnych zachował się bunkier z tamtych czasów, jednak uległ on częściowo zawaleniu i ze względów bezpieczeństwa został rozebrany. Także po II wojnie światowej wojsko interesowało się tymi terenami – ćwiczyły tu oddziały wojsk powietrzno-desantowych z Krakowa, do dziś zresztą północna część pustyni, pomiędzy Chechłem a doliną Przemszy zamknięta jest dla turystów, służy bowiem okresowo jako poligon.
