Muzeum powstało w miejscu niemieckiego obozu koncentracyjnego. To był pierwszy obóz koncentracyjny, który Niemcy utworzyli w okupowanej Polsce, a później obóz zagłady prowadzony przez SS. Mieściło się tu także więzienie Gestapo.
Sami Niemcy nazywali go Lager der Blutrache, obozem krwawej zemsty. Bo faktycznie był narzędziem zemsty na tych, którzy kilkanaście lat wcześniej odważyli się zbrojnie stawić opór zaborcy. Do ciemnych, zimnych cel trafiali więc powstańcy wielkopolscy i śląscy z list proskrypcyjnych, przygotowywanych przez Niemców jeszcze przed wojną.
Fort VII jest najlepiej zachowanym obiektem zewnętrznego pierścienia fortyfikacji, którym Prusy Niemiecki opasały Poznań, by bronić się przed ewentualnym atakiem wojsk carskiej Rosji.Twierdza Poznań była największą niemiecką twierdzą zbudowaną dla obrony wschodnich granic II Rzeszy.
Fort VII zbudowano w latach 1876–1880. Obiekt był modernizowany aż do wybuchu I wojny światowej. Początkowo nosił tylko oznaczenie Fort VII, a od 1902 roku, ten 14-hektarowy obiekt fortyfikacyjny, został nazwany Fortem Colomb. Do 1918 roku pełnił ważną rolę w pruskich planach obrony miasta. W dwudziestoleciu międzywojennym pełnił funkcję obiektu magazynowego. m.in. dla 3 Pułku Lotniczego Wojska Polskiego. W sierpniu 1939 roku na wale wybudowano dwa schrony z funkcją bojową dla ciężkich karabinów maszynowych wz. 30. A we wrześniu 1939 roku ze schronu nie padł ani jeden strzał, a sam Fort VII, tak jak pozostałe fortyfikacje poznańskie, nie był wykorzystywany podczas walk.
Gdyby nie zbrodnie popełniane na Polakach w Forcie VII w czasie II wojny światowej, była by to atrakcja turystyczna, miejsce odwiedzin i interesujący przykład niemieckiej architektury militarnej z końca XIX w.
Wybierając na miejsce obozu koncentracyjnego Fort VII, wzięto pod uwagę jego lokalizację, maskującą roślinności, wały ziemne otaczające fort oraz posiadał dobry dojazd do centrum Poznania. Po wysiedleniu ludności polskiej z okolic Fortu VII, zaczęto osiedlanie rodzin funkcjonariuszy obozowych i pracowników gestapo, obiekt był odizolowany od pozostałej części miasta.
W KL Posen służbę pełnili ludzie o najbardziej sadystycznych skłonnościach, w mordowaniu i zadawaniu cierpienia. Fort ten był dla esesmanów podstawą do kariery w sieci niemieckich obozów koncentracyjnych. Załoga liczyła 50–80 funkcjonariuszy.
Osadzenie w Forcie VII było niemal równoznaczne z wyrokiem śmierci. Doszło do tego, że więźniowie KL Posen cieszyli się na wieść, iż zostaną przeniesieni do innego obozu np.: Oświęcimia czy Gross Rosen. Woleli być wszędzie, byle nie tu, wierzyli, że nie ma straszniejszego obozu niż Fort VII.
SS – mani stosowali z upodobaniem okrutne „zabawy”, kończące się najczęściej śmiercią osadzonych. Jedną z ulubionych form hitlerowskich zwyrodnialców była „wycieczka w Karpaty”.
Polewano w zimie wodą stromy kilkumetrowy stok wewnątrz fortu, a gdy zamarzł, gnano na niego więźniów. Ślizgając się i wpadając jeden na drugiego, ciągle bici i kopani, wspinali się na górę. Gdy już tam dotarli, esesmani zrzucali ich głowami w dół. Potem mieli ponownie wspinać się na górę. Gdy nie było mrozów, osadzonych pędzono na strome schody, każąc im dźwigać ciężkie kamienie. Na szczycie schodów stali rozbawieni oprawcy, którzy kopali wchodzących, celując w głowy. Kiedy ci spadali w dół, pociągając za sobą następnych, wpadali w ręce katów na dole. Tych więźniów, którzy jeszcze mieli siły, zmuszano do ponownego wejścia. Męka trwała najczęściej tak długo, dopóki wszyscy nie zginęli w trakcie wspinaczki i upadków bądź nie zostali dobici w okrutny sposób. Rzadko zdarzało się, żeby więźniom którzy przetrwali “zabawę” pozwolono wrócić do cel. Najczęściej esesmani dokańczali dzieła strzałem z pistoletu.
Inną okrutną „rozrywką” obozowej kadry był „dzwon”. Ofiarę wieszano za nogi w obozowej łaźni, głową w dół, z rękami związanymi na plecach. Następnie osadzonego popychano, by huśtał się coraz mocniej, aż wreszcie uderzał głową o umywalki. Po takiej kaźni wzywano innych więźniów, by sprzątali ze ścian i podłogi ślady krwi, kości i mózgu.
Esesmani urządzali sobie także „zabawy w zająca”. Polegały one na urządzaniu wyścigu więźniów, którzy mieli skakać jak zające, podczas gdy oprawcy strzelali do nich jak na polowaniu.
W 1944 roku zadaszono fosy i umieszczono w nim oddział zakładów Telefunken Gesellschaft für drahtlose Telegraphie m.b.H.
Po II wojnie światowej Fort VII został przejęty przez jednostki Ludowego Wojska Polskiego i służył głównie jako magazyn wojskowy, z tego też względu teren obozu był niedostępny. W 1963 roku, dzięki staraniom Związku Bojowników o Wolność i Demokrację, na terenie Fortu VII powstała Izba Pamięci Narodowej, która otwierana była z okazji Święta Zmarłych i kilka dni w kwietniu, czyli Miesiącu Pamięci Narodowej. W 1976 roku zapadła decyzja, że pod auspicjami Muzeum Historii Ruchu Robotniczego im. Marcina Kasprzaka, powinno powstać Muzeum Martyrologii Wielkopolan – Fort VII. Jego oficjalne otwarcie nastąpiło 31 sierpnia 1979 roku na wydzielonym skrawku Fortu VII. Na mocy ustawy z 2001 roku więźniowie Fortu VII zostali zrównani prawami z więźniami obozów koncentracyjnych.
